AB DFDS Seaways skyrius
Lietuvos Jūrų laivininkystės profsąjunga buvo įkurta 1969 metais, kartu su valstybine įmone „Lietuvos Jūrų laivininkystė“. Tuo metu tai buvo didžiulė organizacija, turėjusi virš 40 laivų. Jos laivuose ir kranto padaliniuose dirbo apie 3500 žmonių. Tuometinei profsąjungai buvo priskirta daug jai nebūdingų klausimų. Ji praktiškai dalyvavo visuose veiklos sferose – nuo kelialapių į poilsines skirstymo iki gamybos organizavimo. Dirbo apie 10 etatinių darbuotojų. Turėjo savo biblioteką, organizuodavo jūrininkų poilsį.
Po Nepriklausomybės atkūrimo ji tęsė savo veiklą jau naujoje ekonominėje situacijoje, atkrito jai nebūdingos funkcijos, sumažėjo dirbančiųjų skaičius. 1995 m. savo veiklą įregistravo Klaipėdos m. savivaldybėje. Tuo pačiu pavadinimu ir tęsė darbuotojų gynimo funkcijas. Tuo metu ji jungė apie 1200 narių.
Nuo 1993 m. buvo pradėta bendradarbiauti su Lietuvos Jūrininkų sąjunga ruošiant laivininkystės kolektyvines sutartis.
Bendraujant geriau susipažinome su LJS veikla, žmonėmis, bendro apsijungimo klausimais. 2000 metais kolektyvo konferencijoje buvo pasiūlyta artimiausiu metu spręsti susijungimo su LJS klausimą. 2000 m. spalio mėnesį buvo paskelbta radijo konferencija susijungimo klausimu. Ir 2001 metų sausio mėnesį sulaukus visų laivų įgulų atsakymų priimtas sprendimas – susijungti. Visi profsąjungos nariai iki konferencijos nepaskelbė apie išstojimą iš profsąjungos. Tapo Lietuvos Jūrininkų sąjungos nariais. Tuo metu jų buvo apie 800 narių.
Susijungimo formalumai, likviduojant LJL profsąjungą, vyko iki spalio mėnesio. Tuo pačiu metu vyko ir AB „Lietuvos Jūrų laivininkystė“ privatizacija ir dviejų naujų jūrinių įmonių atsiradimas.
Kartu su naujų jūrinių įmonių steigimu įvyko ir profsąjungos pasidalinimas. Buvo patvirtinti du skyriai – AB „Lietuvos Jūrų laivininkystė“ ir AB „Lisco Baltic Service“ (dabar „AB DFDS Seaways“).
Dėl LJL bankroto 2015 m. LJS LJL skyrius buvo panaikintas.
KLASCO skyrius
Vadovaudamasi 1999 m. gruodžio 18 d. Lietuvos jūrininkų sąjungos (LJS) Konferencijoje priimtomis LJS Įstatų pataisomis, 1999-12-29 LJS Taryba priėmė sprendimą įsteigti LJS AB „Klaipėdos jūrų krovinių kompanija“ skyrių (LJS KLASCO skyrius). Skyriaus pirmininku buvo išrinktas LJS Tarybos narys vyr. mechanikas Julius Rimkūnas.
Išėjus J.Rimkūnui į užtarnautą poilsį (pensiją), 2005-02-07 d. LJS KLASCO skyriaus pirmininku išrinktas vyr. mechanikas Vytautas Ščerbavičius. 2007-12-15 d. LJS ataskaitinėje – rinkiminėje Konferencijoje V.Ščerbavičius buvo išrinktas į LJS Tarybą.
2006-10-10 d. Dokininkų profesinė sąjunga, atstovaujama pirmininko Vladimiro Bendoraičio, LJS KLASCO skyrius, atstovaujamas pirmininko Vytauto Ščerbavičiaus, AB „Klaipėdos jūrų krovinių kompanija“ darbuotojų profesinė sąjunga, atstovaujama Rūtos Mažonienės, sudarė Jungtinę profesinių sąjungų atstovybę dėl Kolektyvinės sutarties parengimo, derybų ir pasirašymo. AB „Klaipėdos jūrų krovinių kompanija“ kolektyvo konferencija 2008-03-18 d. priėmė Kolektyvinę sutartį, kuri galioja iki 2010 m. gruodžio 31 d.
Išėjus V.Ščerbavičiui į užtarnautą poilsį (pensiją). LJS KLASCO skyriaus pirmininku išrinktas vyr. mechanikas Algerdas Barauskas.
KVJUD skyrius
1999-12-29 d. Lietuvos jūrininkų sąjungos (LJS) Tarybos sprendimu buvo nutarta įsteigti LJS Klaipėdos valstybinio jūrų uosto direkcijos (KVJUD) skyrių. Skyriaus pirmininku buvo išrinktas kapitonas Juozas Bakas.
2003-04-01 d. VĮ KVJUD darbuotojų profsąjunga, atstovaujama pirmininko Lino Rudžio, ir LJS KVJUD skyrius, atstovaujamas pirmininko Juozo Bako, susitarė sudaryti jungtinę profesinių sąjungų atstovybę dėl Kolektyvinės sutarties parengimo, derybų ir pasirašymo.
Išėjus J. Bakui į užtarnautą poilsį, 2007-01-29 d. LJS KVJUD skyriaus pirmininku buvo išrinktas kapitonas Vytautas Dačkus. 2019-12-14 d. LJS rinkiminėje konferencijoje V. Dačkus buvo vėl išrinktas į LJS Tarybą.